Bob is hungry. の疑問文は Is Bob hungry? です。さて、なぜ主語と is(時制語)を入れ替えるのでしょうか。
「ボブはおなかが減っていますか?では
Bob is hungry. か Bob isn't hungry. のどちらなのかを尋ねます。
つまり、「is なのか isn't なのか」を尋ねたいわけです。
食事で一番好きなものを真ん中に食べる子供はいません。
真っ先に食べるか、一番最後に取っておくかです。
英語も同じです。好きだという意識と同様、尋ねたいという気持ちが
どちらかを尋ねたい語 is か isn't を文頭に出すわけです。
Is Bob hungry?/ Isn't Bob hungry?(いわゆる否定疑問文ですね)
My father works in Tokyo.
My father does work in Tokyo.
does か doesn't かを尋ねたい --> Does your father work in Tokyo?
My son is eating chocolate.
--> Is my son eating chocolate?
もし、何を食べているのを訊きたければ、
is は既に文頭に移動させて疑問の語順になっているので、
chocolate を "what"(まさに知りたい語) にかえて文頭に置けば完成です。
What is your son eating?
英語は語順が大切と言われますが、脳の指令、認知そのままに並べているのです。